Das dritte Stadium der CML ist die Blastenkrise (siehe Blasten >>) In diesem Stadium ist der Patient am stärksten beeinträchtigt. Die Leukämie-Zellen im Knochenmark vermehren sich völlig unkontrolliert und treten in grosser Zahl als Blasten (unreifes Stadium) ins Blut. Die normale Blutbildung ist daher nur noch sehr eingeschränkt möglich. Folgen davon sind Blutarmut, Blutungen, Infektionen.

Es fehlen sowohl Blutplättchen, welche für die Blutgerinnung verantwortlich sind als auch rote Blutkörperchen (Erythrozyten), welche für den Sauerstofftransport zuständig sind. Weisse Blutkörperchen (Leukozyten) hingegen gibt es im Übermass. Diese sind aber nicht funktionsfähig, da sie im unreifen Stadium ins Blut abgegeben wurden. Damit ist die körpereigene Abwehr nicht mehr gewährleistet. Ohne Behandlung ist diese Erkrankungsphase lebensbedrohlich.