Die häufigste Ursache eines Eisenmangels oder einer Eisenmangelanämie sind Blutungen im Magendarmtrakt: Dickdarmpolypen, Dickdarmkrebs, Magengeschwüre, Magenkrebs, Speiseröhrenentzündung usw.
Eine verminderte Aufnahme von Eisen besteht bei Aufnahmestörungen im Darm – am häufigsten bei Zöliakie auftretend -, oder nach Magendarmoperation.
In den letzten Jahren zugenommen hat die Zahl der Patienten mit chronisch entzündlichen Darmkrankheiten, also einem Morbus Crohn oder einer Colitis ulcerosa. Bis zu zwei Drittel der Betroffenen soll an einer Blutarmut leiden, wobei viele dieser Anämien durch einen Eisenmangel oder eine Eisenverwertungsstörung bedingt sind.
Eine chronische Infektion des Magens mit Helicobacter pylori kann einen auf orale Eisentabletten resistenten Eisenmangel verursachen.